最近接塩基対法によるTm値の計算

最近接塩基対法によるTm値の計算

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Tm値は、DNAの相補塩基対が50%乖離する温度ですが、これを計算するには、Wallece法、GC%法、最近接塩基対法がよく知られています。この内、最近接塩基対法が、一般的により実測値に近い値を算出できるとされています。

当社プロトコルあるいは製品BCF4050同梱の2ステップPCRサイクル対応PCR酵素をお使いの場合は、Tm値の計算には、最近接塩基対法にて計算ください。

当社ダウンロードセクションの1stプライマー設計支援ツール(エクセルVBAファイル)では、下記参考文献1中の表2、Nearest-neighbor thermodynamicsに記載の熱力学パラメータ(ΔH°, ΔS°)を使用して最近接塩基対法によるTm 値を計算します。

参考文献:

  1. Breslauer, K.J. et al. (1986) Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 83: 3746-3750.
  2. 最近接塩基対パラメータを用いた核酸の安定性予測とその機能との関係
    杉本 直己 生物物理 vol33.p61-67 吉岡書店