最近接塩基対法によるTm値の計算
Tm値は、DNAの相補塩基対が50%乖離する温度ですが、これを計算するには、Wallece法、GC％法、最近接塩基対法がよく知られています。この内、最近接塩基対法が、一般的により実測値に近い値を算出できるとされています。
当社プロトコルあるいは製品BCF4050同梱の2ステップPCRサイクル対応PCR酵素をお使いの場合は、Tm値の計算には、最近接塩基対法にて計算ください。
当社ダウンロードセクションの1stプライマー設計支援ツール(エクセルVBAファイル）では、下記参考文献１中の表2、Nearest-neighbor thermodynamicsに記載の熱力学パラメータ(ΔH°, ΔS°)を使用して最近接塩基対法によるTm 値を計算します。
参考文献：
- Breslauer, K.J. et al. (1986) Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 83: 3746-3750.
- 最近接塩基対パラメータを用いた核酸の安定性予測とその機能との関係
杉本 直己 生物物理 vol33.p61-67 吉岡書店