PCR産物の電気泳動でエキストラバンドが出る

1st PCR産物の場合

プライマーの再設計を行ってください。

2ステップサイクルPCRで、このトラブルが発生した場合のほとんどがプライマーの設計に問題があります。
フォワードプライマーとリバースプライマーのTm値の確認と差が大きい場合はTm値を近づける設計をしてください。
ダウンロードセクションの 1st PCR Primer設計ツールをご利用ください。18mer～30merまで糊代部分を変化させた場合のそれぞれのTm値が計算できますので、これらからTm値の差が少ないプライマーを選択できます。

2nd PCR産物の場合

• Seg.2-2のアニーリング温度を 60 °C から 55 °C にする
• Seg. 2-3およびSeg.3-2の伸長反応時間の短縮