コドン表、コドン頻度、最適化サービス

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コドン表・コドン頻度

コムギ(Triticum aestivum), ヒト(Homo sapiens)および大腸菌(Escherichia coli)のコドン頻度 (F/1000) です。

  アミノ酸 コムギ ヒト 大腸菌
TTT Phe(F) 12.3 17.6 24.4
TTC Phe(F) 24.8 20.3 13.9
TTA Leu(L) 3.7 7.7 17.4
TTG Leu(L) 12.1 12.9 12.9
         
CTT Leu(L) 12.3 13.2 14.5
CTC Leu(L) 27.4 19.6 9.5
CTA Leu(L) 7.4 7.2 5.6
CTG Leu(L) 22.3 39.6 37.4
         
ATT Ile(I) 11.7 16.0 29.6
ATC Ile(I) 24.3 20.8 19.4
ATA Ile(I) 6.7 7.5 13.3
ATG Met(M), START 24.3 22.0 23.7
         
GTT Val(V) 14.3 11.0 21.6
GTC Val(V) 21.3 14.5 13.1
GTA Val(V) 5.3 7.1 13.1
GTG Val(V) 25.0 28.1 19.9

 

  アミノ酸 コムギ ヒト 大腸菌
TCT Ser(S) 10.3 15.2 13.1
TCC Ser(S) 18.0 17.7 9.7
TCA Ser(S) 10.6 12.2 13.1
TCG Ser(S) 10.7 4.4 8.2
         
CCT Pro(P) 11.7 17.5 9.5
CCC Pro(P) 14.6 19.8 6.2
CCA Pro(P) 23.4 16.9 9.1
CCG Pro(P) 16.4 6.9 14.5
         
ACT Thr(T) 9.2 13.1 13.1
ACC Thr(T) 19.1 18.9 18.9
ACA Thr(T) 9.1 15.1 15.1
ACG Thr(T) 9.7 6.1 13.6
         
GCT Ala(A) 16.4 18.4 18.9
GCC Ala(A) 32.7 27.7 21.6
GCA Ala(A) 15.4 15.8 23.0
GCG Ala(A) 22.2 7.4 21.1

 

  アミノ酸 コムギ ヒト 大腸菌
TAT Tyr(Y) 8.3 12.2 21.6
TAC Tyr(Y) 20.6 15.3 11.7
TAA STOP 0.6 1.0 2.0
TAG STOP 0.6 0.8 0.3
         
CAT His(H) 8.4 10.9 12.4
CAC His(H) 13.8 15.1 7.3
CAA Gln(Q) 42.2 12.3 14.4
CAG Gln(Q) 38.2 34.2 26.7
         
AAT Asn(N) 10.5 17.0 29.3
AAC Asn(N) 21.4 19.1 20.3
AAA Lys(K) 10.5 24.4 37.2
AAG Lys(K) 37.6 31.9 15.3
         
GAT Asp(D) 17.1 21.8 33.7
GAC Asp(D) 29.0 25.1 17.9
GAA Glu(E) 15.3 29.0 35.1
GAG Glu(E) 38.2 39.6 19.4

 

  アミノ酸 コムギ ヒト 大腸菌
TGT Cys(C) 5.1 10.6 5.9
TGC Cys(C) 13.6 12.6 5.5
TGA STOP 1.5 1.6 1.1
TGG Trp(W) 12.0 13.2 13.4
         
CGT Arg(R) 5.6 4.5 15.9
CGC Arg(R) 12.8 10.4 14.0
CGA Arg(R) 3.0 6.2 4.8
CGG Arg(R) 8.9 11.4 7.9
         
AGT Ser(S) 6.6 12.1 13.2
AGC Ser(S) 16.6 19.5 14.3
AGA Arg(R) 6.7 12.2 7.1
AGG Arg(R) 13.0 12.0 4.0
         
GGT Gly(G) 13.7 10.8 23.7
GGC Gly(G) 31.1 22.2 20.6
GGA Gly(G) 14.9 16.5 13.6
GGG Gly(G) 17.9 16.5 12.3

 

 出所:下記より当社作成

  • Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases: status for the year 2000. Nakamura, Y., Gojobori, T. and Ikemura, T. (2000) Nucl. Acids Res. 28, 292.
  • コムギ(Triticum aestivum) : http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/showcodon.cgi?species=4565
  • ヒト(homo sapiens) :http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/showcodon.cgi?species=9606
  • 大腸菌(Escherichia coli): http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/showcodon.cgi?species=37762
コドン最適化サービス・アプリ

コドン使用頻度最適化サービスは人工遺伝子合成時のサービスとして各社からでています。

  • ユーロフィンジェノミクス社 :GENEius
  • Integrated DNA Technologies社 : Codon Optimization
  • GenScript社: OptimumGene